Mengikut Seksyen 6, Lembaga ditubuhkan bagi berfungsi seperti berikut :-
Memastikan perlindungan kehidupan yang menyokong kapasiti air dan ekosistem, memaksimumkan faedah ekonomik, social dan alam sekitar mereka untuk generasi sekarang dan masa hadapan dan mengelakkan apa-apa kesan yang buruk dalam penggunaan dan pembangunan sumber air;
Mengawal selia pemindahan air antara lembangan dalam negeri;
Menggalakkan dan memudahkan kerjasama dan penyelarasan antara agensi yang berlainan bagi penggunaan pelbagai fungsi;
Menyelaras cari gali dan pembangunan sumber air tambahan;
Membangunkan keupayaan dan kepakarannya untuk bertindak sebagai tempat rujukan pusat bagi isu pengurusan sumber air bersepadu dalam negeri;
Menasihati Pihak Berkuasa Negeri berkenaan dengan pengurusan dan pemindahan air antara negeri.
